30 października 1944 roku Sandakan po raz pierwszy zaatakowało alianckie lotnictwo. Amerykańskie myśliwce P-38 Lightning zniszczyły wtedy na ziemi kilkadziesiąt japońskich samolotów. W nalocie zginęło także kilku jeńców. W Boże Narodzenie 1944 roku amerykańskie bombowce B-24 Liberator zbombardowały lotnisko, tym razem wyłączając je z użytku. Jeńców zmuszono do pracy przy naprawie zniszczeń, lecz już trzy dni później lotnisko ponownie padło ofiarą ciężkiego nalotu. W styczniu 1945 roku prace na lotnisku zostały ostatecznie wstrzymane.
Pod koniec lata 1944 roku w Sandakanie przebywało około 2,2 tys. alianckich jeńców wojennych. Pod koniec tegoż roku śmiertelność zaczęła rosnąć w zastraszającym tempie, co było związane przede wszystkim z drastycznym zmniejszeniem racji żywnościowych. W listopadzie zmarło 25 jeńców, a w grudniu – 55 jeńców. W styczniu 1945 roku w samym tylko obozie australijskim zmarło 65 jeńców.