Izolację ekologiczną zalicza się więc do barier zapobiegających kojarzeniu, obok izolacji behawioralnej związanej ze specyficznym systemem rozpoznawania partnera do rozrodu. W przeciwieństwie do niej izolacja ekologiczna polega na tym, że osobniki różnych gatunków zamieszkujących ten sam teren nie przystępują do wspólnego rozrodu, ponieważ rozród ten przebiega w innym czasie bądź w innym siedlisku. Izolacja ekologiczna dzieli się bowiem na izolację czasową i izolację środowiskową. Przyjmuje się, że specjacja sympatryczna, czyli zachodząca wśród populacji zasiedlających ten sam teren, ale izolowanych z innych przyczyn niż bariera geograficzna, jest rzadka.
W przypadku izolacji czasowej osobne gatunki przystępują do rozrodu w innym czasie, na przykład o innej porze roku bądź innej porze dnia. Zdarza się, że blisko spokrewnione owady różnych gatunków o innej porze roku osiągają dojrzałość płciową, w efekcie czego inną porą roku przystępują do przedłużania gatunku. Przykład stanowią amerykańskie świerszcze z gatunków Gryllus pensylvanicus i Gryllus veletis.