W latach 1751–1757 był nauczycielem i przewodnikiem kilku młodych katolików podczas ich grandes toures do Francji, Szwajcarii i Włoch. W 1767 r. przeszedł na emeryturę i zamieszkał w St Gregory’s – w małym kolegium należącym do angielskiego duchowieństwa świeckiego, założonym w Paryżu pod koniec XVII w. W 1773 r. został dyrektorem (Académie impériale et royale des Sciences et Belles-Lettres de Bruxelles). Funkcję tę pełnił do 1780 r., wnosząc duży wkład w upowszechnianie zaawansowanych technik laboratoryjnych. Zmarł w Brukseli 30 grudnia 1781 r. i został pochowany w .
Działalność naukowa Obserwacje mikroskopowe Needhama zostały opublikowane w „An Account of some New Microscopical Discoveries” w 1745 r., a dalsze badania zostały szczegółowo opisane w jego pracy Observations upon the generation, composition and decomposition of animal and vegetable substances w 1749 r.
Na podstawie swoich obserwacji mikroskopowych stał się zwolennikiem teorii samorództwa, zgodnie z którą żywe organizmy powstały z materii nieożywionej na poziomie mikroskopowym, a także witalizmu, doktryny głoszącej, że procesów życiowych nie można wyjaśnić prawami chemii i fizyki.