Miał zapewnioną stałą łączność operacyjną, radiową (co godzinę) oraz kurierską z Oddziałem VI (Specjalnym), a także stałą łączność radiową z dowództwem Armii Krajowej. Dowódcy G.B.P. podporządkowano także „placówki Oddz. Spec. korzystające z radiostacji lub innej pomocy Bazy”.
Dowódca G.B.P. miał również uprawnienie do uznania przeszkolonych skoczków – kandydatów na cichociemnych „za nieprzydatnych do przerzutu do Kraju”. Jeśli byli także uznani przez niego za „nieprzydatnych do użycia w pracy G.B.P.” o ich dalszym przydziale decydował Szef Oddziału VI (Specjalnego).
„W styczniu 1944 Główną Bazę Przerzutową (GBP) pod Brindisi objął mjr dypl. Jan Jaźwiński „Sopja”. Władał on językiem angielskim, był twardy i konsekwentny w stosunku do Anglików z SOE i pracował w Oddziale VI Sztabu N.W. już od czerwca 1940 roku jako szef Referatu „S” (*Specjalny), który został przeorganizowany później na Wydział „S”, zajmujący się przerzutem lotniczym i kompletowaniem sprzętu dla Armii Krajowej. Był on niewątpliwie pionierem i spiritus movens przerzutu lotniczego do Kraju. Po objęciu dowództwa GBP mjr Jaźwiński podlegał wprawdzie szefowi Oddziału VI w Londynie (był nim wtedy ppłk dypl. Protasewicz), ale sam podpisywał depesze do gen.