Rozkaz zastrzegał, że „wszystkie sprawy związane z całokształtem akcji przerzutowej są zachowane do wyłącznej decyzji dowódcy G.B.P. Tylko i wyłącznie D-ca G.B.P. jest uprawniony do określenia zakresu wglądu w pracę G.B.P. dla władz polskich i Sprzymierzonych. Wgląd ten może mieć miejsce o ile D-ca G.B.P. uzna, że jest to konieczne dla ułatwienia pracy G.B.P.”
Wśród zadań dowódcy G.B.P. rozkaz organizacyjny wskazywał m.in.:
opracowanie i realizacja Planu Przerzutu z G.B.P. do Kraju, na podstawie wytycznych Dowódcy Armii Krajowej i Szefa Oddziału Specjalnego, oraz wyników współpracy z władzami brytyjskimi lub amerykańskimi, zapewnienie ochrony G.B.P. przed wglądem w jej pracę osób i władz nieupoważnionych utrzymanie żywej współpracy z władzami Sprzymierzonych
Dowódca Głównej Bazy Przerzutowej był uprawniony m.in. do „otrzymywania wiadomości dotyczących sytuacji w Kraju, potrzebnych dla prowadzenia przez D-cę G.B.P. aktualnego obrazu warunków wykonywania operacyj przerzutowych (...) wiadomości wywiadowczych od Dowódcy A.K. i Oddz. Wyw. Sztabu N.W. w zakresie potrzebnym dla prowadzenia operacji”.