W tym okresie w Arkonii działało piętnaście sekcji sportowych, z których większość zaliczała się do ścisłej krajowej czołówki. Był to okres jego największego rozkwitu i licznych sukcesów sportowych: ponowny awans w 1962 roku sekcji piłki nożnej do polskiej ekstraklasy mistrzostwo Polski juniorów w piłce nożnej w 1964 trzynastokrotne zdobycie mistrzostwa Polski i Pucharu Polski przez sekcję waterpolistów mistrzostwa Polski w turystyce motorowodnej mistrzostwa i wicemistrzostwa Polski pływaków, bokserów i judoków Zawodnicy Arkonii ustanawiali rekordy Polski m.in. w pływaniu i kolarstwie terenowym i wchodzili w skład reprezentacji narodowych w piłce nożnej, piłce wodnej, kolarstwie torowym i szosowym, pływaniu.
Na skutek silnego parcia społecznego spowodowanego tzw. "wypadkami grudniowymi" w roku 1970, podczas których na ulicach Szczecina doszło do pacyfikacji przez siły MSW demonstracji robotniczych – głównie załogi Stoczni Szczecińskiej im. A. Warskiego (wśród poszkodowanych były ofiary śmiertelne), w 1971 roku stocznia wycofała się z finansowania milicyjnego klubu zakładając swój – Stal Stocznia Szczecin.