Począwszy od tego momentu liczba sekcji sportowych w Arkonii była ograniczana przez przekazywanie ich do innych szczecińskich klubów – przykładowo sekcja piłki siatkowej przekazana została do LKS Gryf Szczecin a sekcja szermierki do Włókniarza Szczecin. Niektóre sekcje (np. boksu, gimnastyki i lekkiej atletyki) zostały zlikwidowane a ich zawodnicy przenieśli się do innych szczecińskich klubów.W 2000 roku w Arkonii trenowali sportowcy pięciu sekcji: piłki nożnej, piłki wodnej, judo, karate i aikido.
Arkonia, to jeden z dwóch klubów (obok Pogoni), które reprezentowały Pomorze Zachodnie w I lidze piłkarskiej (obecnie Ekstraklasie). Obecnie drużyna Arkonii występuje w klasie okręgowej, w grupie zachodniopomorskiej II, a klub nastawiony jest przede wszystkim na szkolenie młodzieży.
W 2008 waterpoliści Arkonii po raz pierwszy od 1979 roku zdobyli mistrzostwo Polski. To 15. tytuł w historii klubu. W sezonie 2011/12 po raz 16. sięgnęli po tytuł mistrza krajugazeta.pl: Waterpoliści Arkonii zdobyli mistrzostwo Polski.
Sekcja piłkarska Drużyna piłkarska Arkonii Szczecin występuje obecnie w Klasie okręgowej gr.