Ostatnią ważniejszą zmianą było przywrócenie możliwości zmiany opon w trakcie wyścigu. Wybór mieszanki opon na suchą nawierzchnię musiał zostać dokonany przez każdego kierowcę przed kwalifikacjami.
Kalendarz wyścigów na sezon 2006 przewidywał 18 wyścigów. Inauguracyjną rundą cyklu było Grand Prix Bahrajnu. 11 marca odbyła się pierwsza w tym sezonie sesja kwalifikacyjna, którą wygrał Michael Schumacher z Ferrari. Kierowcom MF1 nie udało się nawet przejść Q1 – Christijan Albers i Tiago Monteiro uzyskali odpowiednio 18. i 19. czas. W wyścigu na Bahrain International Circuit Albers musiał wycofać się tuż po starcie z powodu awarii wału napędowego, natomiast Portugalczykowi po starcie z boksów udało się ukończyć wyścig na 17. pozycji z dwoma okrążeniami straty do zwycięzcy wyścigu – ówczesnego mistrza świata Fernando Alonso z Renault.
Po wyścigu w Australii Super Aguri oraz MF1 Racing złożyli do FIA wniosek o wykluczenie Scuderii Toro Rosso z klasyfikacji konstruktorów. Zdaniem japońskiego i rosyjskiego zespołu Toro Rosso posiadało przewagę, jaką dają im silniki Coswortha 3,0 V10 z ograniczoną liczbą obrotów.