Do połowy 1999 w Malezji, ponad 265 przypadków zapalenia mózgu zostało zdiagnozowanych u ludzi, 105 osób zmarło, natomiast w Singapurze odnotowano 11 przypadków zapalenia mózgu lub chorób układu oddechowego, z jednym zgonem. W 2001 wirus został rozpoznany w Bangladeszu w dystrykcie Maherpur i w Siliguri w Indiach. Ogniska zostały zaobserwowane po raz kolejny w 2003, 2004 i 2005 w innych dystryktach w Bangladeszu. Później w Bangladeszu pojawiły się kolejne liczne ogniska.
Wrzesień 1998 – maj 1999: w stanach Perak, Negeri Sembilan i Selangor w Malezji. W sumie 265 przypadków ostrego zapalenia mózgu ze 105 zgonami spowodowanymi przez wirusa zostało zgłoszonych w trzech stanach w czasie epidemii. Malezyjskie władze zdrowotne początkowo uważały, że przyczyną infekcji było japońskie zapalenie mózgu, które utrudniało wdrożenie skutecznych środków zapobiegających rozprzestrzenianiu się wirusa Nipah. 2001: 31 stycznia – 23 lutego, Siliguri, Indie: 66 przypadków ze wskaźnikiem śmiertelności 74%.