Obok tych dużych graczy ponad 100 przedsiębiorstw prywatnych oferuje przewozy na liniach podmiejskich i dojazdowych. Sieci kolejowe zarządzane przez te przedsiębiorstwa liczą około 5000 km. Zazwyczaj przedsiębiorstwa te są właścicielami wykorzystywanej infrastruktury kolejowej. Przewoźnicy lokalni dominują w statystykach przewożonych pasażerów. W roku 2011, z ogólnej liczby 22 706 milionów pasażerów, małe podmioty przewiozły 13 092 miliony, w porównaniu do 8837 milionów pasażerów obsłużonych przez operatorów JR Group i 3055 milionów przewiezionych przez innych kolejowych przewoźników publicznych (np. spółek państwowych będących operatorami metra).
Specyfiką japońską jest silna konkurencja na rynku usług lokalnych. Sieci kolejowe małych spółek prywatnych oraz dużych operatorów JR Group są od siebie w dużym stopniu odseparowane.
Dla poprawienia wyniku finansowego oraz zwiększenia liczby podróżnych, poszczególne przedsiębiorstwa prowadzą szeroką działalność pozakolejową (m.in. hotelarską, deweloperską, handlową, IT). Stanowi to dużą część ich biznesu i wyraźnie odróżnia od odpowiedników europejskich, dla których tego typu przedsięwzięcia, jeśli występują, mają zazwyczaj marginalny charakter.