Podział japońskich kolei narodowych spowodował także rozdział całej infrastruktury będącej w posiadaniu tej firmy. Każda z sześciu spółek kolejowych zajmujących się przewozami pasażerskimi stała się także właścicielem sieci trakcyjnych i infrastruktury. Wszystkie sześć spółek pasażerskich odpowiada za budowę, zarządzanie i utrzymanie oraz użytkowanie sieci kolejowych na obszarze swojej działalności. Spółki są także właścicielami linii Shinkansen, zbudowanych przed prywatyzacją. Wyjątkiem od tej reguły jest budowa i eksploatacja nowych linii kolei dużej prędkości. W przypadku tego typu kolei poszczególne spółki wykorzystują tabor i zajmują się utrzymaniem infrastruktury, ponosząc koszty wynajmu.
Geograficzny podział infrastruktury kolejowej i pionowa integracja w ramach tego podziału odróżnia spółki japońskie od odpowiedników europejskich. W istotny sposób wpływa to na strukturę i wielkość poszczególnych przedsiębiorstw. Przykładem może być tutaj East Japan Railway Company – pierwsza w pełni sprywatyzowana korporacja. Jest to jednocześnie największe przedsiębiorstwo kolejowe na świecie. East Japan Railway Company zarządza 70 liniami pasażerskimi liczącymi łącznie ponad 7500 km (ponad 5500 km zelektryfikowanych).