2. Dyplom Ministra Spraw Zagranicznych Polski Za wybitne osiągnięcia w propagowaniu kultury polskiej za granicą (1982) tytuł doktora honoris causa Tokijskiego Uniwersytetu Sztuki (2001) Tytuł Towarzystwa im. Fryderyka Chopina w Warszawie nadany pośmiertnie Za Promowanie Muzyki F. Chopina w Świecie (2002)
Upamiętnienie W 2001 wmurowano poświęconą jej tablicę pamiątkową w Ogrodzie Botanicznym Polskiej Akademii Nauk w Powsinie.
W 2006 w Parku im. Jerzego Waldorffa w Słupsku odsłonięto pomnik „Klawiaturę gwiazd”, na której umieszczono nazwisko Haliny Czerny-Stefańskiej pośród siedmiorga wybitnych pianistów, uczestników Festiwalu Pianistyki Polskiej, takich jak Ryszard Bakst, Klara Langer-Danecka, Władysław Kędra, Tadeusz Żmudziński, Miłosz Magin, Witold Małcużyński.
W dniach 17–21 września 2008 odbył się w Poznaniu I Europejski Konkurs Pianistyczny „Halina Czerny-Stefańska in Memoriam” zorganizowany przez poznańską Akademię Muzyczną.
Dyskografia (wybór) Halina Czerny-Stefańska nagrała wiele płyt LP i CD dla takich wytwórni jak: Deutsche Grammophon, Decca, Erato, EMI Classics, His Masters Voice, Polskie Nagrania, Pony Cayon, RCA Records, Supraphon, Selene czy Telefunken.