Geologia i geomorfologia Jaskinia jest utworzona w wapieniach i dolomitach jednostki choczańskiej i w zlepieńcach węglanowych okresu eocenu. W jaskini w wielu miejscach jest widoczny kontakt między tymi dwoma kompleksami. Największe sale jaskini powstały na tym kontakcie, natomiast na przebieg korytarzy istotny wpływ ma sieć lokalnych spękań górotworu.
Jaskinia jest systemem korytarzy, z których część jest całkowicie zalana przez wodę. Złożona jest z dwóch połączonych z sobą pięter. W górnej części jaskini znajduje się pięć syfonów, położonych jeden za drugim; pierwszy z nich ma długość 120 m. Dolne piętro jest obecnie aktywne, a korytarze je tworzące są przedzielone syfonami, których głębokość dochodzi do 17 m. Oba piętra zostały początkowo uformowane w warunkach freatycznych (tj. w warunkach całkowitego zalania jaskini wodą) i dopiero później przemodelowane w warunkach wadycznych (tj. gdy zwierciadło wód gruntowych opadło poniżej poziomu jaskini lub przynajmniej jej części).
W jaskini występują liczne osady klastyczne naniesione przez przepływający potok, których miąższość miejscami przekracza 1,5 m.