W 2002 roku stoczył w K-1 jeszcze 3 walki (wygrał z Yanagisawą, Bonjaskym i Huntem), a w swojej ostatniej, która odbyła się 30 kwietnia 2003 roku, znokautował w pierwszej rundzie Boba Sappa.

Od 2012 10 marca 2012 roku w Zagrzebiu pokonał przez jednogłośną decyzję w walce na zasadach K-1 Raya Sefo. Początkowo była ona zapowiadana jako pożegnalny pojedynek Filipovicia. Wkrótce potem ogłoszono jednak, że Chorwat po 9 latach powróci do organizacji K-1. 27 maja na gali K-1 Rising w Madrycie pokonał przez nokaut w 2. rundzie Hiszpana Lorenzo Javiera Jorge. We wrześniu 2012 roku wystartował w kwalifikacjach do turnieju K-1 World Grand Prix. W pierwszej rundzie turnieju pokonał przez decyzję Amerykanina Randy’ego Blake’a. Finałowa gala odbyła się w ojczyźnie Mirko – Chorwacji (Zagrzeb). Do turnieju zostali zaproszeni m.in. Badr Hari, Zabit Samiedow czy Hesdy Gerges. W ćwierćfinale Chorwat spotkał się z Amerykaninem Jarrellem Millerem, którego pokonał na punkty, a w półfinale również na punkty Ukraińca Pawła Żurawlowa. W finale zwyciężył Surinamczyka Ismaela Londta przez decyzję sędziów który m.in. był liczony po lewym okrężnym kopnięciu w głowę w 2. rundzie.