Po dwuletnim nowicjacie został skierowany domu zakonnego w rodzinnym Braniewie, gdzie zarządzał dobrami ziemskimi w kolegium jezuickim jako procurator pagorum. W samej szkole jednak nie nauczał. W 1681 z tytułem „misjonarz dworski” (missionarius aulicus) został wychowawcą trzech synów wojewody wileńskiego Kazimierza Jana Sapiehy, który tu, do Braniewa, ich posłał po wykształcenie: Jerzego Stanisława, Michała Franciszka i Aleksandra Pawła. W 1684 zwolniony z obowiązków dworskich został kaznodzieją w Reszlu. Działał z zapałem nie tylko w samej miejscowości, lecz angażował się w posługę w całej okolicy. Wszędzie propagował kult jezuickiego misjonarza św. Franciszka Ksawerego. Mimo że dane mu było posługiwać w mieście przez krótki okres, dzięki jego gorliwości w nowennie do św. Franciszka Ksawerego uczestniczył magistrat miasta Reszla.
W sierpniu 1685 prowincjał litewski Grzegorz Schill posłał ojca Möllera do Moskwy jako kapelana do pomocy o. Janowi Schmidtowi. O. Möller udał się tam w orszaku kanclerza wielkiego litewskiego Marcjana Ogińskiego. Ojcowie Bartłomiej Möller i Mikołaj Narmunth przyjechali do Moskwy w styczniu 1686, aby zastąpić tam o. Schmidta, który miał wrócić do Wilna, oraz zmarłego ojca Boye.