Na miejscu od razu zajął się z zapałem spowiadaniem, głoszeniem kazań i posługą wśród chorych, mimo decyzji generała zakonu, że będzie musiał z poselstwem wrócić do Wilna.
Po powrocie z Moskwy do Wilna w maju 1686 г., o. Bartłomiej został mianowany kapelanem obozowym (misionarius castrensis). Posługiwał tu z takim samym zaangażowaniem: codziennie spowiadał, głosił kazania i opiekował się chorymi. Jego gorliwość połączona z uprzejmością przyczyniała się do tego, że oficerowie, nawet protestanci, w wyznaczonych dniach prowadzali swoich żołnierzy do spowiedzi. Chorych pocieszał i karmił, sam pełniąc często funkcję kucharza i pielęgniarza. Skuteczność swoich działań przypisywał wstawiennictwu patrona – św. Franciszka Ksawerego. Po dwóch latach posługi jako kapelan wojskowy powierzone mu zostało zupełnie nowe zadanie: kierowanie budową sanktuarium w Świętej Lipce, po tym gdy dotychczasowy superior misji, Marcin Wobbe, zmarł 16 czerwca 1688 roku.