Fabuła Powieść została podzielona na trzy główne części, z których każdą rozpoczyna haiku Matsuo Bashō, a każda część obejmuje pięć rozdziałów. Licząc umieszczone na końcu esej i słownik, książka zawiera 17 sekcji.
Pod koniec XIX wieku, w Japonii okresu Meiji, Stanisław Wokulski, występujący jako emisariusz „Kraju, Którego Nie Ma”, przedstawia cesarzowi Mutsuhito propozycję tajnego sojuszu. W zamian za poparcie i podjęcie walki z Imperium Rosyjskim Japonia ma otrzymać technologię wykorzystującą wynaleziony przez profesora Geista metal lżejszy od powietrza. Sam Geist nie uczestniczy w przedsięwzięciu, gdyż umiera w Paryżu jeszcze przed rozpoczęciem produkcji Żelaza Ducha w Japonii. Polacy liczą, że osłabienie Rosji stworzy warunki do odzyskania przez ich nieistniejące na mapie państwo niepodległości.
Nadzór nad wykorzystaniem wynalazku obejmuje Julian Ochocki, znany Japończykom jako O Ho Kyi. Na górzystym Hokkaido powstają ukryte stocznie, w których budowane są podniebne okręty tworzące Cesarską Marynarkę Nieba. Nowa technologia, nazwana Żelazem Ducha, umożliwia Japonii prowadzenie kampanii najpierw przeciwko Chinom i Rosji, a następnie przeciwko innym ówczesnym mocarstwom.