Od 1385 również kapituła została przeniesiona do Fürstenwalde. mały|Zamek biskupi w Beeskowie, w którym w 1555 zmarł ostatni katolicki biskup lubuski W 1424 starania margrabiów brandenburskich zostały uwieńczone powodzeniem i diecezja została podporządkowana arcybiskupowi w Magdeburgu. W 1514 roku biskup lubuski za zgodą papieża sprzedał biskupie dobra opatowskie podkanclerzemu Krzysztofowi Szydłowieckiemu. W 1555 zmarł ostatni katolicki biskup lubuski Jan VII Horneburg i rozpoczęła się reformacja na terenie diecezji. W 1557 katedra w Fürstenwalde znalazła się w rękach luteran. Ostatnie katolickie nabożeństwo odprawiono w 1565. Ostatecznie diecezja została sekularyzowana w 1598. W 1821 roku na terytorium obejmującym m.in. dawną diecezję lubuską utworzono książęco-biskupią delegaturę Brandenburgii i Pomorza z siedzibą w Berlinie, będącą częścią diecezji wrocławskiej. W 1930 roku na bazie delegatury utworzono nową diecezję berlińską.
Sekularyzacja diecezji lubuskiej oznaczała też przerwanie związków ziemi lubuskiej z Polską aż do roku 1945. Obecnie część terenów dawnej diecezji lubuskiej znajduje się w diecezji zielonogórsko-gorzowskiej.