Kolejne prace konserwatorskie prowadzono w latach 1929–1939 pod kierunkiem Franciszka Mączyńskiego i ponownie w roku 1983 – historia. Od 1997 r. kościół jest bazyliką mniejszą.
Architektura i wnętrze kościoła Świątynia to trójnawowa bazylika z elewacją na wzór fasady rzymskiego kościoła Il Gesù. Wydłużone prezbiterium szerokości nawy głównej, zamknięte płasko. Przy południowej elewacji kościoła znajduje się Golgota – zespół trzech rzeźb z XVIII wieku. Ołtarz główny z wyobrażeniem Nawiedzenia św. Elżbiety jest jedną z największych w Krakowie realizacji snycerskich doby baroku. W roku 1711 poświęcił go biskup Michał Szembek. Pośród wielu znaczących dzieł sztuki na szczególną uwagę zasługują majestatyczne stalle, z połowy XVII i XVIII w. Barokowy klasztor z XVII w. został rozbudowany w 1. połowie XX w. o kolejne dwa piętra. Na sklepieniach krużganków widnieją malowidła z połowy XVIII w., przedstawiające historię kościoła na Piasku oraz dzieje obrazu Matki Boskiej Piaskowej.
Znajdujący się w kościele obraz Chrystusa dźwigającego krzyż został przywieziony po 1945 r. z kościoła Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny we Lwowie.