W murze kościoła znajduje się cios kamienny z odciśniętym wizerunkiem stopy, umieszczony od strony ulicy Garbarskiej. Jest to tzw. stopka królowej Jadwigi, związana z legendą o wizycie królowej na budowie i jej darze dla jednego z kamieniarzy.
Kaplica Matki Boskiej Piaskowej Od strony ulicy Garbarskiej przylega do kościoła kaplica Matki Boskiej Piaskowej, autorstwa Giovanniego Trevano. Nakryta jest kopułą z latarnią, którą wieńczy pozłacany posąg Matki Boskiej z Dzieciątkiem z 1678 r. Na elewacji znajduje się pamiątkowa tablica upamiętniająca koronację obrazu w 1883 r. Wizerunek Matki Boskiej Piaskowej zwanej również "Panią Krakowa" namalowany został na murze przez nieznanego zakonnika z końcem XV wieku. Kaplicę zniszczoną podczas potopu szwedzkiego odbudowano z pieniędzy pozostawionych na ten cel w testamencie przez biskupa Piotra Gembickiego. Tutaj przed wyruszeniem pod Wiedeń w 1683 r. modlił się król Jan III Sobieski. Obecny neoklasycystyczny ołtarz ufundował biskup Kajetan Ignacy Sołtyk w 1785 r. Obraz koronami papieskimi koronował w dwusetną rocznicę zwycięstwa pod Wiedniem biskup Albin Dunajewski. Korony dla Madonny zaprojektował Jan Matejko, który tutaj w 1864 r. brał ślub z Teodorą Giebułtowską.