Po powrocie do Anglii, od lipca do października 1940, przechodził prace wykończeniowe w stoczni w Portsmouth, po których stał się krążownikiem przeciwlotniczym.
17 lutego 1941 „Jacob van Heemskerck” został ukończony i wszedł na nowo do służby, otrzymując także nowy radarowy system kierowania ogniem. Okręt brał następnie udział w eskortowaniu konwojów na Atlantyku i wodach wokół Wielkiej Brytanii. Do grudnia 1941 bazował w Belfaście, pełniąc służbę konwojową. Po przystąpieniu Japonii do wojny „Jakob van Heemskerck” został 12 stycznia 1942 skierowany do Azji południowo-wschodniej, w celu dołączenia do znajdujących się już tam holenderskich okrętów, stanowiących trzon sił ABDA, broniących Holenderskich Indii Wschodnich. Zanim tam dotarł, Japończycy rozgromili siły alianckie i zajęli ten obszar, więc w marcu 1942 okręt dołączył do składu brytyjskiej Floty Wschodniej na Cejlonie, zaliczony do sił Force B (wraz z niszczycielem „Isaac Sweers”). Wraz z głównymi siłami floty, „Jacob van Heemskerck" uniknął japońskiego ataku na Cejlon i brał udział w kilkudniowych bezskutecznych poszukiwaniach wroga 5-7 kwietnia 1942. 9 kwietnia wszedł w skład Force A, a następnie został przebazowany do ochrony żeglugi w zachodniej części Oceanu Indyjskiego.