W mediach Neon Genesis Evangelion Kaworu pojawia się w dwudziestym czwartym odcinku Neon Genesis Evangelion jako pilot zastępujący Rei Ayanami i Asukę Langley Soryu, które nie są w stanie pilotować swoich Evangelionów. Na zrujnowanym polu bitwy z poprzednim Aniołem spotyka pilota Evangeliona Shinjiego Ikariego i rozmawia z nim o osiągnięciach kulturalnych człowieka, takich jak muzyka (Kaworu nuci na początku IX Symfonię Beethovena). Kaworu i osamotniony Shinji szybko nawiązują przyjaźń; razem odwiedzają publiczną łaźnię, a Shinji śpi w mieszkaniu Kaworu. Kaworu komentuje kruchość ludzi. Natura związku Kaworu i Shinjiego została przedstawiona w niejednoznaczny sposób – Kaworu używa frazy sukitte, żeby opisać swoje uczucia do Shinjiego; wyrażenie to może oznaczać relacje od intymności lub przyjaźni po miłośćOdcinek 24, „The Beginning and the End, or „Knockin’ on Heaven’s Door” ”..