Później, gdy Shinji pyta, co się stało z ludźmi, których znał, Kaworu zabiera go do ruin Geofront i Tokio-3, wyjaśniając, że przebudzenie Shinjiego w Jednostce 01 było „katalizatorem” Trzeciego Uderzenia i jeszcze bardziej zdziesiątkowało świat. Ujawnia także cel trwającego Projektu Dopełnienia Ludzkości: zabić całe życie na Ziemi, pozwalając na stworzenie istot, które zrodzą Owoc Życia.
Kiedy Fuyutsuki ujawnia, że Yui Ayanami jest w Unit-01 i klonach Rei, Shinji przeżywa załamanie psychiczne. W dniu projektu Shinji nie ma pewności, czy zastosować się do poleceń Gendo, czy prośby Misato, by nie pilotować ponownie, więc Kaworu zdejmuje choker Shinjiego, który, jak twierdzi, został pierwotnie dla niego stworzony, i ubiera go jako znak zaufania. Później Shinji i Kaworu pilotują Jednostkę 13 do Terminal Dogma, ponieważ Kaworu twierdzi, że może użyć Włó Kasjusza i Longinusa, aby cofnąć Trzecie Uderzenie; Rei śledzi Mark.9. Kiedy JEdnostka-13 dociera do zwłok Lilith, Kaworu zdaje sobie sprawę, że obie włócznie są podobne.