Z uczelnią tą związany był aż do przejścia na emeryturę w 1975, następnie zaś jako emeritus professor aż do 1994. Wykładał nań historię, języki obce oraz religię.
W swej pracy badawczej Nibley zajmował się zagadnieniami związanymi z mormońską doktryną i historią. Starał się dostarczyć dowody na autentyczność Księgi Mormona oraz prawdziwość nauk głoszonych przez Josepha Smitha. Sięgał przy tym do archeologii, historii czy do językoznawstwa. Dążył do umieszczenia Księgi Mormona w jej, jak twierdził, pierwotnym, bliskowschodnim kontekście. Jego dorobek, jakkolwiek nigdy niewsparty jednoznacznie i oficjalnie przez władze kościelne, cieszy się jednak dużym uznaniem wśród świętych w dniach ostatnich. Uznawany za jednego z czołowych przedstawicieli mormońskiej apologetyki, w 1973 został pierwszym dyrektorem Institute for Ancient Studies. Poliglota, w różnym stopniu władał choćby arabskim, francuskim, niemieckim, włoskim czy rosyjskim. Jedna z jego książek, An Approach to the Book of Mormon, była używana jako kościelny podręcznik w 1957.