Miejsce poświęcenia nekropolii upamiętniono później żeliwnym monumentem z czterometrowym krzyżem z tablicą informującą o przebiegu uroczystości (po 1918 skorodowany monument został rozebrany, a na powstałym placyku w 1939 pochowano Aleksandra Kakowskiego). Już następnego dnia odbył się tam pierwszy pogrzeb – rocznej dziewczynki, Marii Skibniewskiej. Mieszkańcom lewobrzeżnej Warszawy cmentarz udostępniono 13 stycznia 1885. Pierwszym proboszczem tzw. kapelanem cmentarnym został sprowadzony z Mińska Mazowieckiego ks. Franciszek Kołaczewski.
Chowano tam głównie na koszt miasta osoby biedne, zmarłe w warszawskich szpitalach. Opłaty pobierane za pochówek były dość niskie i konkurencyjne z innymi cmentarzami, stąd cmentarz Bródnowski zyskał opinię cmentarza dla ubogich, podczas gdy Stare Powązki były uważane za cmentarz dla osób zamożnych. W 1885, pierwszym pełnym roku funkcjonowania cmentarza, pochowano tam 2048 osób. Do 1915 zmarłych chowano w grobach ziemnych w tzw. linii na 15 lat bez prawa budowy trwałych pomników.
W 1888 w pobliżu bramy głównej wzniesiono drewniany kościół św. Wincentego á Paulo, wykorzystując drewno z rusztowań remontowanej w latach 1885–1887 Kolumny Zygmunta III Wazy.