W 1892 w związku z epidemią cholery wyznaczono specjalną kwaterę dla zmarłych na tę chorobę. Na cmentarzu pochowano także większość ofiar walk rewolucji z lat 1905–1906. W 1914 liczba pochówków wyniosła 12 257, w 1917 – 16 583, a w 1933 – 7823.
W 1916 i 1921 cmentarz został poszerzony, odpowiednio o grunty majątku Bródno należące do Szpitala św. Ducha w rejonie ulic Odrowąża i Rzeszowskiej (30 ha) i tereny dawnej rosyjskiej prochowni przy ul. Rzeszowskiej przekazane przez Wojsko Polskie (16 ha). Powierzchnia cmentarza zwiększyła się w ten sposób do 113,3 ha.
W 1927 zakończono budowę jednolitego ceglanego muru wokół cmentarza o długości 4958 metrów. Jego wysokość, w zależności od poziomu gruntu, wynosi od 3 do 5 metrów, a grubość – 41 cm. Współcześnie znajduje się w nim osiem bram.
W 1925 w Alei Głównej, na wysokości kwatery 25A, ustawiono figurę Matki Bożej (nazywaną Matką Boską Bródnowską – w postaci często stosowanej w kapliczkach stojących na podwórkach warszawskich kamienic: smukła, w niebiesko-białym płaszczu, z rękami rozłożonymi w geście powitania). Trudno ustalić kiedy przyjął się zwyczaj zapalania przed nią zniczy, ale ustny przekaz dawnych mieszkańców mówi, że są to znicze czczące pamięć bliskich, których miejsc pochówku nie ustalono.