19 stycznia 1945 ostatni komendant AK generał Leopold Okulicki „Niedźwiadek” wydał rozkaz rozwiązania Armii Krajowej. Ks. Waląg ujawnił się przed Komisją Likwidacyjną UB, jednak szybko z powrotem zaangażował się w działalność niepodległościową. Wstąpił w szeregi Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość, którego trzon stanowiły pozostałości rozwiązanej w 1945 Delegatury Sił Zbrojnych na Kraj. Działał w ramach V Rejonu WiN na powiat Tomaszów Lubelski pod pseudonimem „Marian”.
We wrześniu 1946 roku został zdekonspirowany. Trafił do okrytej ponurą sławą katowni UB na Zamku Lubelskim. Za pomoc bandom podziemnym i współpracę z grupą PSL-u Mikołajczykowskiego – tak brzmiało uzasadnienie wyroku, dostał cztery lata pozbawienia wolności, które spędził w stalinowskim więzieniu.
Pruszcz Gdański w życiu księdza Waląga mały|Ryngraf na 25-lecie kapłaństwa Józefa Waląga Po zwolnieniu w 1950 roku na stałe związał swoje życie z Pomorzem. W 1957 r. został administratorem, a później proboszczem parafii Matki Bożej Nieustającej Pomocy w Pruszczu Gdańskim. Nadal był inwigilowany i szykanowany przez komunistyczne władze i Służbę Bezpieczeństwa.