Podczas wojny trzydziestoletniej (1618–1648) pozostał najwierniejszym przyjacielem Wallensteina. Gdy Wallenstein w 1634 nawiązał tajne rokowania z protestantami, aby z ich poparciem zdetronizować Habsburgów i objąć władzę w Czechach, Schaffgotsch stanął po jego stronie. Nie opuścił przyjaciela nawet wtedy, gdy sprawa była właściwie przegrana, bo spisek wykryto, a Wallensteina skrytobójczo zamordowano. Mimo iż większość oficerów z armii Wallensteina poddała się cesarzowi, Schaffgotsch podniósł w Opawie bunt i wznosił antycesarskie okrzyki. Bunt został szybko stłumiony, a Hansa Ulryka Schaffgotscha zatrzymano i uwięziono w twierdzy kłodzkiej. Później przewieziono go do Wiednia, torturowano i więziono w coraz cięższych warunkach. Skazano go na karę śmierci, a dobra Schaffgotschów zostały w dużej części skonfiskowane. Egzekucję wykonano 23 lipca 1635 w Ratyzbonie.
Ród Schaffgotschów zdołał w późniejszych latach odzyskać względy cesarskie i część swoich majątków (m.in. zamek Chojnik), jednak niektóre z nich przeszły już na stałe w ręce innych rodów (np. Żmigród, przejęty przez Melchiora von Hatzfeldta). 200px|center|thumb|Główne linie rodu Schaffgotsch
Genealogia