W 1938 otrzymał złoty medal za zasługi wojskowe, Order Wojskowy Włoch, a także frankistowski Order Imperialny Jarzma i Strzał. W 1938 został skierowany z tajną misją do Albanii, gdzie pozostał do czasu włoskiej inwazji na ten kraj w kwietniu 1939. W październiku 1939 objął stanowisko sekretarza Narodowej Partii Faszystowskiej, zastępując Achille Starace. Nowe stanowisko uważał jednak za ograniczające jego wojskowe pasje i sprawował je tylko przez rok. W 1940 w stopniu podpułkownika wziął udział w walkach przeciwko Francuzom, a następnie w bitwie o Wielką Brytanię. 19 października 1940 brał udział w rajdzie czterech samolotów Savoia-Marchetti SM.82, które zbombardowały rafinerie w Bahrajnie. W 1943 realizował zadania związane z wywiadem wojskowym. W czasie, kiedy doszło do pro-alianckiego zamachu stanu, Muti był w Hiszpanii, próbując przejąć radar z amerykańskiego samolotu, który rozbił się na terytorium neutralnym.