Okoliczności śmierci Ettore Muti powrócił do Rzymu 27 lipca 1943 i przebywał w należącej do niego prywatnej willi. W nocy 23/24 sierpnia 1943 został aresztowany przez oddział karabinierów jako podejrzany o przygotowywanie faszystowskiego zamachu stanu. Kiedy był prowadzony przez las sosnowy w rejonie Fregene, eskorta została ostrzelana przez nieznanych sprawców, a sam Muti zginął, prawdopodobnie w czasie próby ucieczki.
Pamięć Po śmierci Mutiego jego postać idealizowano we Włoskiej Republice Socjalnej, czyniąc z niego nieskazitelnego bohatera i patriotę. Pochowany początkowo w Verano, w lutym 1944 jego doczesne szczątki przeniesiono do Rawenny. Jego imieniem nazwano Legion Policyjny stacjonujący w Mediolanie, a także jedną z jednostek wojskowych. Grób Mutiego w Weronie stał się miejscem corocznych uroczystości ku jego czci organizowanych 24 sierpnia przez organizacje kombatanckie, w których nie brali udziału członkowie jego rodziny. W 2017 grób został zdewastowany. Imię Mutiego nadal noszą ulice w Velletri i w Lecce.