W 1999 roku został mianowany doradcą naukowym ds. zmian globalnych przez Federico Mayor, Dyrektora Generalnego UNESCO. Pełniąc tę funkcję, Mesarović udał się do siedziby UNESCO w Paryżu i doradzał gabinetowi dyrektora generalnego w kwestiach takich jak zmiany klimatu, ekonomia, ludność, transfer technologii i edukacja kobiet w krajach rozwijających się.
W 2005 roku otrzymał nagrodę Hovorka od Case Western Reserve University za wyjątkowe osiągnięcia. W 2005 roku otrzymał nagrodę za całokształt twórczości Klubu Rzymskiego w USA.
Wybrane publikacje 1960. Multi-variable Control Systems. MIT Press. 1962. General Systems Theory and Systems Research Contrasting Conceptions of Systems Science. (ed.) Proceedings from the Second System Symposium. 1964. Foundations for a General Systems Theory. (ed.) 1968. Systems Theory and Biology. (ed.). Springer Verlag. 1970. Non-Numerical Problem Solving. with R. Banerji (ed.), Springer Verlag, 1970. 1970. Theory of Multi-level Hierarchical Systems. With D. Macko and Yasuhiko Takahara. Academic Press. 1972. Mathematical Theory of General Systems. With Y. Takahara. Academic Press. 1972. Organization Structure: Cybernetic Systems Foundation. IFSR Int’l. Series on Systems Science and Engineering, Vol. 22. Kluwer, Academic Publishers. 1972. Systems Approach and the City.