Rok później dorosła reprezentacja doszła do finału Pucharu Konfederacji, a tuż przed turniejem triumfowała w mistrzostwach Azji. Na Mundialu Japończycy zajęli pierwsze miejsce w grupie (wyprzedzili Belgię, Rosję i Tunezję), a w drugiej rundzie przegrali 0:1 z Turcją, która następnie zdobyła brązowy medal. Po tym meczu Troussier podał się do dymisji.
Po kilku miesiącach odpoczynku powrócił do pracy szkoleniowej. Krótko prowadził reprezentacje Maroka oraz Kataru.
Jesienią 2004 roku powrócił nad Sekwanę, by po raz pierwszy od piętnastu lat poprowadzić francuską drużynę klubową – Olympique Marsylia. Pod koniec edycji 2004–2005 doprowadził ją do piątego miejsca w lidze. Na kilka tygodni przed rozpoczęciem kolejnych rozgrywek został zwolniony.
W listopadzie 2005 roku po raz drugi objął stery reprezentacji Maroka, ale po niespełna miesiącu pracy otrzymał wymówienie.
W latach 2008-2010 był kierownikiem sportowym w japońskim klubie FC Ryukyu.