Przez kilka pierwszych lat istnienia Collegium Melitense nie miało przystosowanych pomieszczeń do nauki, a zajęcia odbywały się w domu w Valletcie, który został zapewniony przez biskupa Gargallo. W 1592 rozpoczęto budowę kościoła jezuitów w Valletcie, a w 1595 rozpoczęła się budowa sąsiedniego budynku, w którym miało mieścić się kolegium. Kolegium wprowadziło się do niego w roku 1597, jakkolwiek prace budowlane trwały jeszcze do 1602. Kolegium i kościół zostały mocno uszkodzone w 1634 w wyniku eksplozji w pobliskiej fabryce prochu, w następstwie czego oba budynki zostały przebudowane. Budynki poniosły również pewne szkody w czasie trzęsienia ziemi w 1693, które zostały również naprawione. Z kolei w XIX wieku dokonano w nim pewnych zmian.
Po przekształceniu collegium w uniwersytet w roku 1769 był on nadal siedzibą uczelni. Dopiero w latach 60. powstał główny kampus w Msidzie. Obecnie znany jako budynek starego Uniwersytetu, wykorzystywany jest podczas konferencji i seminariów.
Organizacja i administracja Na czele zarządu kolegium stał rektor.