Profil akademicki Początkowo Collegium Melitense uczyło jedynie gramatyki i nauk humanistycznych (literae humaniores), a jednym z jego celów było kształcenie duchowieństwa w przypadku braku seminarium duchownego. W XVII wieku program nauczania został poszerzony o inne kierunki studiów. Teologia i logika były nauczane w kolegium odpowiednio do 1615 i 1622. W 1655 wielki mistrz Juan de Lascaris-Castellar powołał Katedrę Matematyki, ale wkrótce po jego śmierci w 1657 ją zarzucono. Została przywrócona dopiero w 1682. Pod koniec XVII wieku regularnie nauczano filozofii i teologii scholastycznej.
Po uzyskaniu statusu uniwersytetu w 1727 uczelnia zaczęła nadawać studentom stopnie magistra i doktora filozofii i teologii. Studenci uczelni na zakończenie każdego roku nauczania prezentowali publicznie swoje możliwości akademickie zwane „Accademie”. Oddział przed-uczelniany dla najmłodszych studentów, zwany „La Terza (Classe)”, utworzono 19 października 1741.
Życie studenckie Liczba studentów uczelni wzrosła w ciągu XVII wieku. Zanotowano, że w 1622 w klasie logiki było 34 studentów, a do 1630–31 liczba studentów wzrosła do ponad stu. W 1658 klasa humanistyczna liczyła 97 słuchaczy. Przed 1706 na uczelni studiowało ponad 400 studentów.