Od 1596 przy gimnazjum działała biblioteka, pochodząca z daru Jana Bernarda Bonifacia. Poziom dydaktyki był wysoki; dwie najwyższe klasy (classes supremae), w których nauka trwała łącznie 4 lata, prezentowały już poziom akademicki. Absolwenci Gimnazjum, udając się na dalszą naukę do różnych uczelni polskich i europejskich, przyjmowani byli z reguły na III rok studiów.
thumb|170px|left|Gottfried Lengnich, od 1729 profesor w Gdańskim Gimnazjum Siedzibą Gimnazjum były budynki byłego klasztoru franciszkanów na Starym Przedmieściu. W skrzydle wschodnim znajdowało się Małe Audytorium Anatomiczne oraz biblioteka, w południowym sale wykładowe oraz Auditorium Maximum (w którym urządzano m.in. okolicznościowe przedstawienia i uroczystości dla władz miejskich). Pod koniec XVI wieku dobudowano nowe skrzydło zachodnie, w którym znalazły się dalsze sale wykładowe oraz mieszkania dla uczniów i być może nauczycieli. Rektor gimnazjum pełnił z reguł obowiązki pastora w kościele św. Trójcy, a lektor języka polskiego (był nim m.in. Krzysztof Celestyn Mrongowiusz) – polskiego kaznodziei w kaplicy św. Anny.