Gimnazjum gdańskie, obok Gimnazjum Akademickiego w Toruniu zajęło jedno z czołowych miejsc w ówczesnym systemie szkolnictwa w Polsce i zyskało także uznanie za granicą. Wysoki poziom naukowy i korzystne warunki pracy ściągały tu licznych pedagogów ze szkół polskich i europejskich. Profesorowie Gimnazjum rozwijali własne intensywne badania w różnych dziedzinach, tworząc podwaliny pod dalszy rozwój nauki w Gdańsku. Rozkwit Gimnazjum przypada na wiek XVII (ok. 1600 liczba uczniów dochodziła do 200), natomiast w wieku XVIII zaczęło ono podupadać.
W okresie wojen napoleońskich budynki poklasztorne zostały zajęte przez wojsko na szpital i magazyny, a zajęcia szkolne odbywały się w domu pastora. 18 czerwca 1815 Prusacy przekształcili Gimnazjum w sześcioletnią szkołę średnią. 10 listopada 1817 została ona połączona ze Szkołą Mariacką i powstało sześcioletnie klasyczne Gimnazjum Miejskie.
W latach 1834–1837 został zbudowany nowy, neogotycki gmach gimnazjum przy ul. Lastadia 2. Gimnazjum Miejskie, które w tamtym czasie było najbardziej prestiżową szkołą średnią w okolicy, działało w tym miejscu do 1920Zmieniają się okolice Targu Maślanego w Gdańsku.