Po śmierci Ferbera ponownie ubiegał się o biskupstwo warmińskie (1536), tym razem przegrywając rywalizację z Janem Dantyszkiem. Chcąc zdobyć łaski nowego biskupa Płotowski donosił Dantyszkowi na kanoników, m.in. Kopernika i Aleksandra Scultetiego, oskarżając ich o sprzyjanie herezji i łamanie celibatu; w rezultacie tych działań Sculteti był zmuszony opuścić Warmię. Natomiast Mikołaja Kopernika oskarżał o życie w konkubinacie ze swoją gospodynią Anną SchillingElżbieta Starek, Grzegorz Kotłowski, Łacińskie inskrypcje w kościołach Warmii. Katedra we Fromborku, Pelplin 2017, s. 31–33, 337–338..
Bez powodzenia Płotowski starał się również o godność biskupa chełmińskiego. Uczestniczył w obradach sejmików pruskich.
Zmarł 18 kwietnia 1547 roku we Fromborku. Został pochowany w katedrze we Fromborku przy ołtarzu prepozyta, jednaak w XIX w. podczas remontu posadzki płyta została przemieszczonaSłownik biograficzny Kapituły Warmińskiej, Olsztyn 1996, s. 191..Jan Chłosta, Słownik Warmii, Wydawnictwo LITTERA, Olsztyn, 2002, , str. 264.Andrzej Kopiczko, Duchowieństwo katolickie diecezji warmińskiej w latach 1525–1821, część 2: Słownik, Olsztyn 2000, s. 249–250..