W połowie lipca Ferrer awansował do finału turnieju w Båstad, lecz decydujący o tytule mecz przegrał z Robinem Söderlingiem. W październiku, podczas turnieju ATP World Tour Masters 1000 w Szanghaju, Ferrer osiągnął kolejny finał w sezonie, w którym musiał uznać wyższość Andy’ego Murraya.
Podobnie jak rok wcześniej, Ferrer rozpoczął sezon 2012 od wygranej w Auckland, pokonując w decydującym spotkaniu Oliviera Rochusa. Pod koniec lutego triumfował w turnieju w Buenos Aires pokonując w finale Nicolása Almagro. Trzeci tytuł w sezonie Ferrer wywalczył w Acapulco, gdzie wygrał finałową rywalizację z Fernando Verdasco. W Barcelonie po raz czwarty w karierze wystąpił w finale turnieju i po raz czwarty okazał się gorszy od Rafaela Nadala. W pojedynku o mistrzostwo przegrał 6:7(1), 5:7. Drugie turniejowe zwycięstwo na nawierzchni trawiastej Hiszpan wywalczył w połowie czerwca w 's-Hertogenbosch. Piętnasty tytuł w karierze wywalczył dzięki pokonaniu w finale Philippa Petzschnera 6:3, 6:4. Szesnaste zwycięstwo turniejowe odniósł w Båstad. W finałowym pojedynku pokonał Nicolása Almagro 6:2, 6:2. Ferrer brał udział w igrzyskach olimpijskich w Londynie. W turnieju gry pojedynczej odpadł w III rundzie po przegranej z Keim Nishikorim. W grze podwójnej wspólnie z Feliciano Lópezem osiągnął czwarte miejsce.