W meczu o brązowy medal zostali pokonali przez debel Richard Gasquet-Julien Benneteau wynikiem 6:7(4), 2:6. W październiku zwyciężył w zawodach w Walencji, pokonując w finale Ołeksandra Dołhopołowa 6:1, 3:6, 6:4. Tydzień później odniósł pierwsze w karierze zwycięstwo w turnieju kategorii ATP World Tour Masters 1000, a dokonał tego w Paryżu, gdzie w finale pokonał Jerzego Janowicza 6:4, 6:3.
W styczniu 2013 roku Ferrer triumfował w Auckland, wygrywając imprezę po raz czwarty. W rundzie finałowej Hiszpan odniósł zwycięstwo nad Philippem Kohlschreiberem. Drugi tytuł w sezonie tenisista hiszpański wywalczył pod koniec lutego w Buenos Aires, po pokonaniu w finale Stanislasa Wawrinki. Tydzień po sukcesie w Argentynie Ferrer zagrał w Acapulco, osiągając finał, w którym uległ Rafaelowi Nadalowi. Pod koniec marca Hiszpan dotarł do pierwszego w karierze finału w Ameryce Północnej, w ramach zawodów ATP World Tour Masters 1000, w Miami. Decydujący o tytule pojedynek Ferrer przegrał z Andym Murrayem 6:2, 4:6, 6:7(1), nie wykorzystując jednej piłki meczowej. Podczas europejskiego sezonu ziemnego, w maju Ferrer doszedł do finału w Oeiras, gdzie poniósł porażkę ze Stanislasem Wawrinką. Na początku czerwca zawodnik hiszpański odniósł jeden z największych sukcesów w całej karierze awansując do finału Rolanda Garrosa.