Jednak propozycja awansowania MacArthura była dopiero na poziomie nieformalnej dyskusji w momencie zakończenia II wojny światowej.
W tamtym czasie rozwój prac nad amerykańską bombą atomową był bardzo pilnie strzeżoną tajemnicą państwową (nawet ówczesny wiceprezydent Harry Truman nie wiedział o jej istnieniu, dopóki nie został prezydentem po śmierci Franklina Roosevelta), znanym tylko kilku najwyższym urzędnikom spoza Projektu Manhattan, a planowanie inwazji na Japonię w ogóle nie brało pod uwagę jej użycia. Gdy bomba atomowa stała się dostępna, gen. Marshall przewidział użycie jej do wsparcia inwazji, w przypadku gdyby udało się wyprodukować wystarczającą ich liczbę na czas.
Przez całą wojnę na Pacyfiku alianci nie byli w stanie uzgodnić między sobą jednego głównodowodzącego wszystkimi siłami zbrojnymi. Dowództwo alianckie zostało podzielone na regiony: na przykład Nimitz dowodził Obszarem Oceanu Spokojnego (Pacific Ocean Areas), podczas gdy MacArthur był Naczelnym Dowódcą Aliantów na Południowo-Zachodnim Pacyfiku (Supreme Allied Commander, South West Pacific Area), a brytyjski admirał Louis Mountbatten był Naczelnym Dowódcą Aliantów w Azji Południowo-Wschodniej (Supreme Allied Commander, South East Asia Command). Jednolite dowództwo uznano jednak za konieczne do inwazji na Japonię.