Rywalizacja pomiędzy rodzajami sił zbrojnych o to, kto powinien być najwyższym dowódcą (Marynarka Wojenna Stanów Zjednoczonych chciała Nimitza, lecz Armia Stanów Zjednoczonych preferowała MacArthura) była tak poważna, że groziła fiaskiem całego procesu planowania inwazji. Ostatecznie marynarka częściowo ustąpiła, a MacArthur miał otrzymać całkowite dowództwo nad wszystkimi siłami alianckimi, jeśli okoliczności będą tego wymagać.

Rozważania Głównymi kwestiami, z którymi musieli się zmierzyć planiści, był czas i straty – w jaki sposób mogli zmusić Japonię do jak najszybszej kapitulacji, przy jak najmniejszej liczbie ofiar po stronie alianckiej. Przed konferencją w Quebecu w 1943 roku wspólny kanadyjsko-brytyjsko-amerykański zespół planistyczny opracował Plan Pokonania Japonii („Appreciation and Plan for the Defeat of Japan”), który przewidywał inwazję na Wyspy Japońskie dopiero w latach 1947–1948. Amerykańscy Połączeni Szefowie Sztabów uważali jednak, że przedłużanie wojny do takiego stopnia jest niebezpieczne dla morale narodu.