W pierwszych dniach września 1939 roku wstąpiła do Polskiego Czerwonego Krzyża i została sanitariuszką. Z cofającym się Wojskiem Polskim doszła do Lwowa, gdzie została jeńcem radzieckim. Zesłano ją na Ukrainę, gdzie została skierowana do pracy w rolniczym zakładzie doświadczalnym. Pracowała w bardzo trudnych warunkach: w temperaturze –30°C bez ciepłej odzieży. Kierownik działu, w którym pracowała, zainteresował się, czy jeniec Prywer jest powiązana rodzinnie z autorem prac o cytologii buraka cukrowego. Gdy dowiedział się, że to ona, skierował ją do pracy w ocieplanych szklarniach.
Po podpisaniu układu Sikorski–Majski w 1941 roku zgłosiła się ochotniczo do pracy w radzieckim szpitalu wojskowym. Chorowała na tyfus. W 1943 roku zorganizowała wędrowny sierociniec dla dzieci z Polski i doprowadziła go – zgodnie z instrukcjami Rządu Rzeczypospolitej Polskiej na uchodźstwie – do Indii. Ostatecznie uchodźców tych przyjął Meksyk. Czesława Prywer udała się tam ze swymi podopiecznymi. Od 1943 roku pracowała jako robotnica w Rolniczej Stacji Doświadczalnej Santa Rosa koło miasta León w stanie Guanajuato. Wiosną 1945 roku stację tę wizytował minister rolnictwa.