Do 1904 r. w soborze Kazańskiej Ikony Matki Bożej wystawiona była dla kultu patronująca mu ikona. W wymienionym roku wizerunek został ze świątyni skradziony.
W 1910 r. z inicjatywy wielkiej księżnej Elżbiety Fiodorowny w podziemiach soboru, to jest dokładnie na miejscu odnalezienia Kazańskiej Ikony Matki Bożej, postanowiono urządzić kolejną cerkiew. Projekt świątyni, która miała przypominać dawne katakumby i podziemne świątynie chrześcijańskie, opracował Aleksiej Szczusjew. Pierwsze nabożeństwo w podziemnej cerkwi odbyło się w 1913 r.
Po rewolucji październikowej i walkach o Kazań w czasie rosyjskiej wojny domowej monaster, zarejestrowany jako spółdzielnia pracy, przetrwał do końca lat 20. Jeszcze w 1922 r. przebywało w nim około dwustu kobiet. Władze radzieckie zlikwidowały go dopiero później: w latach 30. XX wieku sobór Kazańskiej Ikony Matki Bożej oraz dzwonnica zostały wysadzone w powietrze. W cerkwi Podwyższenia Krzyża Pańskiego rozmieszczono sale wykładowe Kazańskiego Instytutu Pedagogicznego, a następnie dom studencki. Inne budynki monasterskie lub powstałe na ich miejscu obiekty wykorzystywano jako magazyny, studio filmowe i pomieszczenia fabryki wyrobów tytoniowych.