Podczas rajdu na Dieppe wykonywał loty operacyjne na osłonę lądujących wojsk. W kolejnych miesiącach brał udział w licznych lotach bojowych na osłonę wypraw bombowych atakujących obiekty przemysłowe na terenach okupowanych przez III Rzeszę. 3 marca 1944 roku ukończył turę lotów bojowych i został skierowany do szkoły lotniczej na stanowisko instruktora pilotażu. 3 kwietnia 1944 roku powrócił do latania operacyjnego w dywizjonie 309, objął dowództwo eskadry „A”. 25 maja wykonał pierwszy lot bojowy na osłonę konwoju. Od 1 listopada przechodził szkolenie w pilotażu samolotów Mustang Mk. III, w które został wyposażony dywizjon 309. Pierwszy lot bojowy na nowym typie samolotu wykonał 28 grudnia. thumb|Samoloty Mustang Mk. III dywizjonu 309. Drugi od lewej samolot WC-F, na którym Jerzy Mencel zestrzelił Me-262 9 kwietnia 1945 roku, podczas operacji Ramrod 1533 w rejonie Hamburga, odniósł pewne zwycięstwo nad Messerschmittem Me 262. 13, 16 i 25 kwietnia uczestniczył w najdłuższych lotach bojowych Polskich Sił Powietrznych. W dwu pierwszych osłaniał bombowce atakujące niemieckie okręty wojenne w poecie Świnoujście, w trzecim eskortował bombowce bombardujące rezydencję Adolfa Hitlera Berghof.