Rtęć stosowana w farmacji w formie np. tiomersalu jest uważana za bezpieczną dla zdrowia, ponieważ jest metabolizowana do etylortęci, która jest usuwana z organizmu w ciągu tygodnia, w odróżnieniu od metylortęci występującej w owocach morza nieraz w znacznej koncentracji z powodu jej bioakumulacji w łańcuchu pokarmowym i udowodnionym naukowo niekorzystnym wpływie na zdrowie.
Zagrożenie Bezpieczna dawka rtęci spożywanej w pożywieniu została ustalona w 2004 roku przez na 1,6 μg/kg masy ciała w ciągu doby.
Toksyczność rtęci związana jest przede wszystkim z jej postacią chemiczna oraz drogą wnikania do organizmu. Najczęściej rtęć wnika do organizmu przez układ pokarmowy i drogi oddechowe (w przypadku narażenia zawodowego).
Nieorganiczne, jak i organiczne związki rtęci mogą ulegać bioakumulacji głównie w nerkach, wątrobie, dalej w mięśniach, układzie nerwowym, tkance tłuszczowej. Stąd zatrucie związkami rtęcioorganicznymi objawia się m.in. w postaci zaburzeń neurologicznych (m.in. pobudzenie, zaburzenia snu, zaburzenia pamięci, drżenie mięśni, neuropatie, zaburzenie widzenia, słuchu, mowy), uszkodzeniu ulegają m.in.