W 1960 otrzymał roczne stypendium Fundacji Rockefellera, odbył staż w Beltaville Parasitology Institute w Beltsville, gdzie badał fizjologiczne oddziaływania pasożyt-żywiciel. Na podstawie wyników prowadzonych badań habilitował się w 1963 na Wydziale Biologii Uniwersytetu Warszawskiego, gdzie pracował od powrotu ze Stanów Zjednoczonych w 1961. Również w 1961 zorganizował na Wydziale Biologii Zakład Parazytologii i objął jego kierownictwo. W 1969 Rada Państwa nadała Bernardowi Bezubikowi tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1978 profesora zwyczajnego. Od 1969 był członkiem Komitetu Parazytologii Polskiej Akademii Nauk, początkowo pełnił funkcję sekretarza, w latach 1977-1981 był wiceprzewodniczącym. W 1978 pełnił funkcję Sekretarza Generalnego IV Światowego Kongresu Parazytologów (ICOPA IV) w Warszawie. Był członkiem Rady Naukowej Instytutu Parazytologii PAN, w latach 1991-1999 pełnił funkcję wiceprzewodniczącegoInstytut Parazytologii, Rejestr Instytutów Naukowych Polska Akademia Nauk. W 1990 przeszedł na emeryturęNauki ścisłe i przyrodnicze na Uniwersytecie Warszawskim, Monumenta Universitatis Varsoviensis 1816–2016 (MUV) Warszawa 2012 s. 179-180 .

Spoczywa na cmentarzu Bródnowskim (kw. 5E, rząd 2, grób 31).