Przywódca remonstrantów na emigracji i po powrocie do kraju Jeszcze we wrześniu 1619 zwołano synod remonstrancki do Antwerpii, wówczas pod panowaniem katolickiej Hiszpanii, gdzie nakazano przygotować własne wyznanie wiary, jako odpowiedź na kanony z Dort. Rola ta przypadła Episcopusowi, który ją przygotował i po zaakceptowaniu wydał w 1621 roku jako Confessio sive declaratio sententiæ pastorum qui Remonstrantes vocantur. Po zakończeniu synodu przebywał głównie w Paryżu, we Francji, skąd próbował organizować kościół remonstrancki. Kategorycznie odrzucał próby nawrócenia go na katolicyzm.
W 1626 roku po śmierci rok wcześniej Maurycego Orańskiego, pozwolono mu wrócić do Niderlandów, gdzie władzę objął sprzyjający im teologicznie stadhouder Fryderyk Henryk Orański. W 1630 roku Episcopius stanął na czele tworzącej się parafii remonstranckiej w Rotterdamie, który stał się ich głównym ośrodkiem w Niderlandach. W 1634 roku został rektorem nowo utworzonego seminarium remonstranckiego w Amsterdamie, gdzie nauczał do śmierci. Jego następcą był Étienne de Courcelles.