Teologia Episcopius jest uważany za teologa, który podłożył podwaliny pod nauczanie kościoła remonstranckiego, często zajmując nieco inne stanowisko niż sam Jakub Arminius. Episcopius odrzucał protestancki scholastycyzm oraz przywiązanie do dogmatów i sztywne przywiązanie do protestanckich wyznań wiary. Jego zdaniem chrześcijaństwo sprowadzało się nie do poznania i intelektualnej zgody na określone tezy, ale przyjęcie tej części nauczania, która spowoduje w człowieku przemianę duszy i życia.
Choć starał się zachować teologiczny dystans do braci polskich, z którymi utrzymywał bardzo dobre kontakty, jego elastyczność teologiczna oraz zdecydowane odrzucenie kalwińskiej predestynacji i rozumienia sensu śmierci Chrystusa na krzyżu, sprawiły, że podejrzewano go i zarzucano mu (bezpodstawnie) bycie ukrytym socynianinemW. J. Kuhler, Het Socinianisme in Nederland, Leiden 1912, s. 86-90, 200-201..
Rodzina W zawartym w 1630 roku małżeństwie z Marią Pesser (zm. 1641) wdową po remonstranckim pastorze Henryku Nielliusie, nie miał potomstwa. Wnukiem jego brata i kontynuatorem jego myśli i działalności w Kościele remonstranckim był Filip van Limborch (1633-1712).