W przerwie zimowej sezonu 2002/03 podpisał kontrakt z Lechem Poznań. Zadebiutował w nim 15 marca 2003 roku w przegranym 2:3 spotkaniu z Odrą Wodzisław Śląski, w którym zdobył również swoją pierwszą bramkę. W meczu następnej kolejki z KSZO Ostrowiec Św. również wpisał się na listę strzelców. Pod koniec maja strzelił pięć goli w pojedynku z Pogonią Szczecin. Lech rozgrywki ligowe zakończył na dziewiątym miejscu. W sezonie 2003/04 Gajtkowski rozegrał trzy mecze po czym został wypożyczony do GKS-u Katowice. Latem 2004 roku powrócił do Lecha i przez następne półtora roku był jego podstawowym zawodnikiem.
W przerwie zimowej sezonu 2005/06 przeszedł do Korony Kielce. Zadebiutował w niej 7 marca 2006 roku w wygranym po dogrywce 3:0 meczu pucharu Polski z Legią Warszawa, w którym zdobył jedną z bramek. Następnie dość szybko wywalczył sobie miejsce w podstawowej jedenastce, a duet napastników tworzył z późniejszym królem strzelców ekstraklasy, Grzegorzem Piechną. W rundzie jesiennej sezonu 2006/07 leczył ciężką kontuzję. Wiosną oraz w kolejnych rozgrywkach nie potrafił przebić się do pierwszego składu. Sezon 2007/08 Korona zakończyła na szóstym miejscu w ligowej tabeli, jednak za udział w korupcji została zdegradowana do Unibet Pierwszej Ligi. Spowodowało to, że Gajtkowski został wypożyczony z opcją pierwokupu do Polonii Warszawa.