został wówczas mianowany wikarym w parafii św. Andrzeja Apostoła w Borowie. Tereny te były miejscem aktywnej działalności Narodowej Organizacji Wojskowej, a następnie Narodowych Sił Zbrojnych, których oddział „Aleksandrówka” działał w oparciu o folwark Borów. Plebania tutejszej parafii stała się jednym z punktów narad organizacyjnych dowództwa NSZ, a ks. Stańczak nawiązał kontakty z dowódcami miejscowych oddziałów: kpt. Andrzejem Kuczborskim ps „Wojciech”, por. Kazimierzem Wybranowskim ps. „Kret”, kpt. Henrykiem Figuro-Podhorskim ps. „Step” oraz mjr Leonardem Zub-Zdanowiczem ps. „Ząb”. Żołnierze NSZ uczestniczyli w mszach i nabożeństwach odprawianych w borowskim kościele, zaś ks. Stańczak bywał w obozie partyzanckim, gdzie odprawiał msze polowe i wygłaszał pogadanki. W listopadzie 1943 roku poświęcił sztandar 1 Pułku Legii Nadwiślańskiej Ziemi Lubelskiej NSZ.